CIP系統是一種無需拆卸及打開設備，且幾乎完全不需要操作員參與，對潔凈區所有設備或管道進行清潔的清洗方法，在一定流體流量和壓力的條件下，將清洗劑噴射或噴灑到設備表面或在設備中循環的過程，整個清潔過程通常由多個獨立的清洗步驟組成。

CIP系統主要組成部件：

CIP罐：配置沖洗水、清洗液及消毒液的罐；

管道：連接CIP罐與待洗設備的管道；

泵：供應泵與回流泵；

閥、熱交換器、液位控制、洗球(CIP罐及產品罐）、化學品添加及監控設施、CIP控制器

SIP系統

在線滅菌系統（SIP） 

在線滅菌系統通常利用飽和蒸汽在較短時間內有效殺死微生物及芽胞體，該功能可由自動程序來完成。滅菌時必須使用潔凈蒸汽，即必須使用純蒸汽發生器產生的飽和純蒸汽來對凍干機進行滅菌操作。該系統由滅菌腔室（凍干箱、冷阱）、水環泵、閥門、管路、溫度控制及壓力控制系統組成

在制藥設備中，在線清洗與在線滅菌的應用也是相輔相成、不可分割的。在線清洗與在線滅菌在無菌制劑生產設備中若使用得當，會發揮其他清洗與滅菌方法無法比擬的作用，會大大減少產品的交叉污染，提高產品質量。如某凍干機產品，其CIP／SIP功能在噴淋頭的設計上是經CFD與動態試驗而確定的，確保每個點都能有效清洗到。同時，產品上有整套CIP／SIP程序，有多項清洗與滅菌參數，可保存與記錄。